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세계를 구성하는 원초적 힘, '에아르'와 그것을 이용해 4원소 등의 물리력으로 구현하는 마도기 '블라스티아'를 사용하며 인류가 살아가는 세계 '테루카 류미레스'. 이 세계는 인류를 비롯한 지성있는 종족과 동식물, 그리고 마물이 살아가고 있다.

인류는 크게 '제국'의 세력과 거기에서 독립한 길드의 세력으로 양분되어 세계 각지에 서식하는 강대한 마물에 대항해 각 도시에 결계를 펼치고 있어 대부분의 인구, 특히 제국에 따르는 인류는 거의 다가 그 영역권 안에서만 살아간다. 결계 밖은 연약한 대부분의 인간에게 있어 마물이 가득한 위험지대인 것이다.

물론 그러한 인간에게 있어 힘이 되어주는 것이 블라스티아였다. 지금은 만드는 것이 불가능하지만 고대문명의 유산으로서 결계를 만드는 것부터 시작해, 몸에 지닌 채로 일상의 모든 것, 마술의 행사, 그리고 전쟁 및 마물에 대항한 싸움에까지 블라스티아는 인류의 행동에 절대적인 기초석이 되어 있었으며, 그렇기에 블라스티아의 동력이자 그것을 통해 다루는 만물의 근원되는 힘, 에아르의 연구는 이 세계에서 굉장히 가치있는 일이다.

하지만 그것은 양날의 검이기도 했다. 에아르는 행성으로부터 순환되어 나오면서 블라스티아의 코어에 쓰이는 방대한 에너지인 동시에, 그 상태 그대로는 생명체에 독이 되는, 일종의 방사능 에너지와 같은 것이었다. 지상에서 에아르가 사용되면 힘의 균형에 의해 행성내부로부터 그만큼의 더 많은 에아르가 지표로 방출된다. 그것이 너무 과도하게 되면, 힘의 균형이 깨져 지표로 방출되는 에아르는 평소의 한계를 넘어 넘쳐나오는 형태가 된다.

현생의 인류는 대부분 이 사실을 모르지만, 그렇게 해서 발생하는 에아르의 혼란은 당연 세계에 재앙을 부르게 된다. 여기에 대해서, 이 세계 '테루카 류미레스'에는 숨은 역사가 있다. 찬란한 번영을 자랑했던 고대인 문명 '게라이오스'의 갑작스런 멸망, 그리고 상당히 근래에 일어났던 '인마전쟁'의 진실이 바로 그것이다.  

'테루카 류미레스'의 고대에서부터 이어져온 지성을 지닌 종족은 일반적으로 인간과 크리티아족이 있다. 이들에게는 옛부터 희소하게 자연의 에아르에 직접적으로 간섭해 힘으로 사용할 수 있는 특별한 혈통들이 존재하였는데 사람들은 그들을 '만월의 아이'라고 부르며 지도자로 옹립해왔다.

그런데 이러한 지성종족 뒤에는 또 하나 특별한 지성체로서 '엔테레케이아'라는 존재가 또 하나 존재하고 있었다. 엔테레케이아는 세계에 흐르는 에아르를 흡수함으로써 조정하는 역할을 하는, 다른 생물과는 구별되는 조금 특별한 종족이었다. 이들이 존재했기에 세계를 흐르는 에아르가 안정된 균형을 유지할 수 있었다.

허나 여기서 그만 불행이 찾아왔다. 발단은 '만월의 아이'와 크리티아족이 개발했던 '블라스티아'였다. '만월의 아이'는 자연적으로 에아르에 간섭한다. 그것은 즉, 그들이 살아가는 것 자체가 에아르의 흐름에 영향을 줌을 의미한다. 따라서 '만월의 아이'는 에아르의 방대한 소비를 부추기게 되고 결과적으로 균형을 깨뜨리게 된다.  

또 하나, 크리티아족은 인간에 비해 개체가 매우 적고 느긋한 종족이긴 하지만 지능적으로는 굉장히 뛰어난 특징을 지니고 있다. 이들은 그 타고난 지혜와 탐구심으로 에아르를 연구하고 이를 통해 미지의 물질 '아파티아'를 분석, '코어'로 가공하여 최종적으로 에아르를 힘으로 변환해 이용하게 해주는, 즉 보통 사람도 '만월의 아이'와 같은 힘을 갖게 해주는 '블라스티아'를 개발해낸다. 그리고 그 혜택을 그대로 받아 생겨난 것이 바로 고대문명 '게라이오스'였다.
 
찬란했던 고대문명도 사실은 '만월의 아이'와 '블라스티아'의 힘에 의해 쌓아올려진 것이었다. '인간'은 각계의 지도자 역할을 했던 '만월의 아이'들의 아래, 크리티아족으로부터 '블라스티아'를 전수받고 그것을 문명에 한없이 접목시켰다. 문명이 발달함에 따라 인구는 급증하였고 그럴 수록 '만월의 아이'가 사용하는 힘과 더불어 '블라스티아'가 급격히 증가했다. 당연히 에아르의 소비도 급격하게 늘어났다.

이는 필연적으로 에아르의 혼란을 불러와 세계를 어지럽히는 원인이 되었고, 에아르의 조정자인 엔테레케이아들에게도 악영향을 끼치게 되었다. 우선 엔테레케이아는 에아르를 흡수해 몸에서 처리해 물질화 및 저장하는 능력을 지니는데 그 결과물이 바로 블라스티아의 동력인 '코어'의 재료 '아파티아'라는 물질이다. 즉 블라스티아를 만들기위해서는 아파티아를 체내에 품고있는 엔테레케이아를 희생시켜야만 한다는 것이다.

그리고 그보다도 더 큰 문제가 있었으니, 엔테레케이아가 에아르를 흡수하는 능력을 지녔다고는 하지만 그들에게도 한계가 있어 그 한계량을 넘겨 무리하게 에아르를 흡수할 경우 오히려 몸에 변이를 초래해 폭주를 부르게 된다는 것이었다. 이 폭주가 에아르를 계속 흡수해 무한에 이르게 되면 그들은 세계를 집어삼키는 대재앙적 존재로까지 변화한다. 때문에 옛부터 엔테레케이아는 에아르를 방대하게 다루는 '만월의 아이'를 피해왔건만, '블라스티아'의 급격한 보급에 의해 그것만으로는 역부족인 상태가 되었다.

이런 부작용을 우려한 엔테레케이아들은 세계를 지키기 위해 우선, 급증해가는 블라스티아부터 처리하기로 결의하고 인류에게 간섭하기 시작했다. 하지만 인간은 블라스티아가 세계를 어지럽힌다는 것을 인정하지 않았고 오히려 블라스티아를 이용해 엔테레케이아에 대항하기 시작했다. 더욱이 더 강력한 블라스티아를 개발하는데 여념이 없었고, 그들의 도시를 병기로 바꾸기까지 했다. 에아르는 점점 혼란을 더해가기만 할 뿐이었기에 마침내 비극이 일어나고 만다.

세계를 지키기 위해 에아르를 조정하던 많은 엔테레케이아들이 결국 한계량을 넘었고 거기에 더해 무한히 폭주하게 된 것이다. 폭주한 엔테레케이아들은 행성을 뒤덮는 대재액으로 화했으니 크리티아족과 인류는 이를 '성식'이라고 이름붙였다. '성식'에 대항할 수 있는 수단은 인류에게 존재하지 않았다. 에아르의 폭주에 의해 태어났기에 에아르의 힘을 사용하는 '블라스티아'는 아무런 효과를 줄 수 없었다. 속수무책이었다.

번영을 누렸던 고대문명은 그렇게 멸망하고 만다. 이런 상황에 처하자 결국 인류와 크리티아족을 이끌던 '만월의 아이'들은 엔테레케이아의 말을 듣게 되었고 상태를 해결하기 위해 마지막 수단을 간구, 그 결과 에아르가 아닌 강력한 생명력을 힘으로 이용해 '성식'을 봉인하는 방법을 고안하기에 이른다. 그 제물로 선택된 것이 바로 자연적으로 에아르를 부릴 수 있는 '만월의 아이'들이었다. 마침내 고대문명 최후의 특수한 거대 블라스티아 '쟈우데 불락궁'이 개발되었고 세계 각지의 '만월의 아이'들 거의 전부가 모여 거기서 자신들의 생명을 바쳐 그것을 작동, '성식'이 봉인되게 된다.

그렇게 당장의 사태는 해결되었다. 시간이 지나 인류는 다시금 문명을 일구고 제국을 세웠다. 인류에게 단 하나 남은 '만월의 아이'의 혈통은 계속 인간을 지도했고 대지를 지배하는 제국의 황제로서 자리하게 된다. 허나 고대문명과 인간의 과오는 결과적으로 엔테레케이아가 인류를 신용하지 못하게 된 커다란 계기가 되었다.

비극적이게도 오랜 세월이 흐른 후, 고대문명의 기억이 완전히 잊혀질 무렵 인간은 똑같은 잘못을 계속해서 저질렀다. 원천기술은 잃었지만, 고대문명으로부터 다시 블라스티아를 발굴해, 혹은 계승하여 점점 그 사용 수를 늘려갔고, 그것을 연구해 더 강력한 형태로 생산하려는 자들도 생겨났다. 이런 모든 행위들은 에아르의 혼란을 다시 부르는 원인이 될 것이었기에 인간과 엔테레케이아 간의 충돌도 점점 심해져갔다.

여기서 엔테레케이아의 강경파는 인간의 블라스티아를 파괴하고 세계를 지키기위해 직접 실력행사에 나서게 되고었고 인간이 이에 반발, 대전쟁으로까지 번져나갔다. 이 결과, 무력보다 인간을 변화시키는 희망을 선택한 엔테레케이아의 온건파와 그들의 손을 잡은 인간측 영웅 '듀크'에 의해 엔테레케이아 강경파는 와해되게 된다.

그러나 제국의 상층부는 엔테레케이아 온건파 및 영웅 듀크의 기대를 배신하고 오히려 배신하여 함정에 빠뜨려 커다란 피해를 입히게 된다. 이때 엔테레케이아 온건파의 지도자이자 듀크의 친구인 '엘시후르'가 목숨을 잃게 된다. 제국의 이러한 행태에 실망한 듀크는, 에아르의 흐름을 자재로 조정할 수 있는 고대문명의 유산이자 제국황실의 보검 '데인노모스'를 소지한 채로 자취를 감추었다.

제국은 이러한 사실을 일반에 감추고 역사를 왜곡했다. 세계를 지키는 존재인 엔테레케이아를 마물의 보스급 존재로 둔갑시키고, 듀크의 일은 철저히 불문에 붙였으며 자신들의 실책도 음모도 모두 숨겼던 것이다. 이렇게 해서 그 전쟁은 '인마전쟁'이라는 이름으로 역사에 남게 되었고 블라스티아는 다시금 인간의 삶에 깊숙이 관여하게 되었다.  

덧붙이자면, 이 정도로 부패해있던 제국은 제국내 하층민들에게도 착취를 하고 있었다. 제국에 불만을 지닌 많은 사람들은 결국 제국의 영역을 이탈해 그들만의 집합체를 만들어 다른 땅에 정작했다. 이것이 바로 길드의 시작이었다. 인간은 엔테레케이아뿐 아니라 내부적으로도 싸움을 계속하고 있었던 셈이었다.

그런 상태로 '인마전쟁' 후 10년이 지나 오늘에 이른 '테루카 류미레스'에서 다시 새로운, 동시에 낡을대로 낡은 음모가 다시금 싹튼다. 강력한 블라스티아를 만들고 그것을 바탕으로 제국의 권력구도를 바꾸려는 음모였다. 이런 상황 하에서 각지의, 경비가 없거나 허술한 블라스티아 코어가 강탈되는 가운데 기사단, 평의회가 얽힌 음모 속에서 두 명의 황위계승자가 위험에 처하게 된다.

기사단에 있다가 모순된 제국의 현실에 견디지 못하고 뛰쳐나온 청년 유리는 그가 살던 제도의 하층마을에서 물을 공급하는 블라스티아 코어가 사라진 것을 계기로, 그것을 되찾으려고 하는 과정에서 본의 아니게 이러한 음모에 말려들고 이윽고 제국 궁성 안에서 위험에 빠져있던 한 아가씨 에스테리제(이하 에스테르)와 우연찮게 조우하여 함께, 감옥에 있었던 어떤 수상한 자가 가르쳐준 길을 통해 도망치게 된다.

이 일로 제국과 에스테르를 노리는 미지의 세력에게 쫓기는 몸이 된 유리는, 그의 오랜 친구이자 기사 후렌과 만나려고자 하는 에스테르와 함께 도시결계의 밖으로 나와 각자 자신들의 목적을 이루기위해 동행을 하게 되고 그 과정에서 동료들을 모으게 되며 점차 세계를 좌우하는 커다란 사건에 발을 들여놓게 된다.

처음에는 코어 절도사건이 괴팍한 마도사 '모르디오'의 소행이라고 들은 유리는 그 마도사가 산다는 학술연구도시'아스피오'로 가고자하고, 우선 기사의 임무로 대륙의 도시들을 돌아다니고 있는 후렌을 만나기위해 도중에 있는 도시 '하루루'로 향한다.

제도로 연결되는 관문이 마물의 습격으로 막힌 탓에 숲을 돌아 '하루루'로 향하던 일행은 숲속에 있던 블라스티아의 잔어에 있던 코어의 에아르가 에스테르에게 반응하는 현상을 보지만 그저 우연으로 여긴다. 그리고 계속 숲을 통과하는 중 길드 '마를 베는 검'의 소속원이라는 소년 카로루와 만나 길안내를 위해 같이 움직이게 된다.  

우여곡절 끝에 하루루에 도착한 일행은 도시에 결계가 없다는 것을 보고 심상치 않게 여긴다. 마물의 습격에 의해 결계를 발생시키는 이 도시만의 특이한 생체 실드 블라스티아가 손상을 입은 것이었다. 후렌이 하루루의 결계를 고치기 위해 잠시 도시를 나갔다는 정보를 들은 유리는 에스테르의 소망에 따라 역시 결계를 고치기 위해 생체 블라스티아를 낫게 할 수 있는 재료를 구하러 잠시 도시밖의 숲에 향한다.

무단이탈한 까닭에 길드에서 퇴출당한 카로루도 일행과 같이 행동하게 되어 재료를 구해왔지만 양의 부족탓인지 제대로 되지 않고, 이때 에스테르가 간곡히 소망을 빌면서 그녀의 마술 특기인 치유술을 광범위하게 행사해내고 그것을 통해 기적적으로 하루루의 실드 블라스티아를 되살려내게 된다.

이후 후렌이 아직 돌아오지 않은 사이에 코어 도둑을 찾으려 한 유리는 계속 일행으로 따라오는 에스테르와 카로루를 데리고 아스피오로 향하고 그들이 찾던 '리타 모르디오'와 만난다. 하지만 리타는 자신이 아니라고 하고 오히려 일이 꼬여 리타의 고대유적 연구에 같이 가게 된다.

거기서 미지의 적을 만난 일행은 결과적으로 리타가 진범이 아니라는 것을 알게 되고, 누군가가 리타의 이름을 도용해 일을 저질렀다는 것과 코어 절도가 대규모로 진행되고 있다는 것을 알아채는데에 이른다. 일단 헛걸음을 한 일행은 후렌을 만나기위해 하루루로 돌아오는 일행은, 리타가 블라스티아 연구를 핑계로 일행에 합류하면서 4명이 된다.

하루루로 돌아와 후렌과 서로 엇갈렸다는 것을 깨달은 일행은 코어행방의 단서와 후렌을 찾기위해 여행을 계속하고 집정관이 폭정을 일삼고 있는 항구도시 '카프와 노르'로 향한다. 도중에 용을 타고 블라스티아를 파괴하는 자에 대한 소문도 들으면서 여행을 계속해 목적지에 도착, 겨우 후렌을 만난 일행이지만 어째선지 에스테르는 계속 뭔가를 숨기는 것 같았고 기사 후렌은 그런 에스테르를 데리고 둘만 이야기하기 위해 서둘러 자리를 뜬다. 유리도 뭔가를 이상함을 느끼는 것 같지만 입밖으로 내진 않는다.

그뒤 폭정에 시달리는 시민을 보고 돕기로 생각한 유리는 여러가지 행동 끝에 사태의 원인인 집정관 '라고우'의 관저에 칩입하려 했고 거기에, 라고우가 날씨를 바꾸는 블라스티아를 사용한다는 이야기를 들은 리타도 동행, 4명 일행 모두 침입을 결행한다. 집정관은 제국귀족의 최상위 기관인 평의회에 속한 자들이기에 관저침입은 엄청난 죄가 될 것이었으나 유리일행은 망설이지 않는다.

예전에 만났던 수상한 자 '레이븐'과 우여곡절로 침입에 성공한 라고우의 저택 안에는 놀랍게도 마물을 키우고 있었고, 거기에 더해 시민에 대한 과도한 폭정과 인간을 납치한 불법행위 등도 완벽한 사실로 드러난다. 또한, 카로루는 여기에 5대 길드의 하나인 '블러드 얼라이언스'도 관여되어 있음을 알아챈다. 라고우는 서둘러 일행을 처리하려 하지만, 소동을 감지한 후렌이 기사단을 이끌어 급습해오고, 소문의 용조종자에까지 끼어들어 집정관 관저는 엉망이 되어버린다.
 
소동 속에서 라고우는 배를 타고 도망치려고 하고, 유리 일행은 그를 쫓아 도주하는 배에 올라타는데 성공한다. 그들은 라고우의 배에 블라스티아 코어가 수집되어 있음을 깨닫고, 곧 각지의 코어들을 모으고 있던 자와 만나게 된다. 그는 '블러드 얼라이언스' 길드의 수령 '바르보스'로 라고우와 손을 잡고 있는 듯 했다. 하지만 그들은 유리 일행과 싸우지 않고 탈출선을 이용해 도주, 남은 배는 폭파시킨다.
 
라고우는 유리일행이 탈출하지 못하도록 유명한 암살자 '쟈기'를 불러 시간을 끌게 한다. 전에도 유리와 싸운 적이 있는 쟈기는 특유의 광기로 유리일행을 압박하지만 결국 쓰러지고, 유리일행은 배를 탈출하려 한다. 그때 배 안에서 소년의 목소리를 들은 유리는 홀로 불타는 배 안으로 돌입하고 나머지는 탈출하게 된다. 다행히도 유리는 소년을 구한 채 일행에게 돌아오고 무사히 기사단 함대에 구조되어 대륙 건너편 항구도시 '카프와 토리무'에 다다르게 된다.        

그들이 구해낸 소년의 이름은 '요델'로, 놀랍게도 황위계승후보의 하나인 황태자였다. 황당한 것은 라고우가 뻔뻔하게 자신이 납치했던 요델의 앞에 있었다는 것이었다. 라고우는 평의회에 속한 귀족의 지위를 이용해 자신의 죄를 무마하고 있었다. 유리는 여기에 불만을 느낀다.
 
거리에서 레이븐을 만난 유리는 그에게서 들은 블라스티아 관련 정보에 따라서 일행과 함께 폐허가 된 옛 마을로 향하는데, 거기서 길드 '마를 베는 자'의 일원 '난'과 와 조우하게 된다. 난은 같은 길드원이었던 카로루와 꽤 아는 사이로 보이지만 차갑게 대하고 오히려 유리 일행에게 경고를 한다. 허나 그것을 무시하고 유리일행은 마을 깊숙히 들어갔다. 그리고 역결계에 갇혀있던 강력한 마물과 그 주위에 서있는 '마를 베는 자'길드원들을 발견하게 된다.

주변에 이상하게 넘치고 있는 에아르 때문에 기운을 잃은 채 영문을 모르는 유리 일행이었지만, 그때 다시 용조종자가 나타나 결계블라스티아를 부숴버리고 마물을 지키려는 행동을 하여 '마를 베는 자'들과 충돌하게 된다. 결계가 사라지자 에아르의 혼란이 사라졌기에 유리일행은 본의아니게 마물과 대치하게 된다. 일행이 이기기 힘들 정도로 강력한 마물이었지만 어느정도 싸우다가 돌아가 자취를 감춘 덕에 겨우 살 수 있었던 유리일행은 서둘러 옛 마을을 빠져나온다.

하지만 그때 잠복해있던 귀족 '큐모르'가 이끄는 기사부대가 유리일행을 포위한다. 여기서 기사들에 의해 에스테르가 제국 황위계승후보의 하나인 황녀라는 것이 밝혀진다. 리타와 유리는 이미 여러가지 사건이나 행동에서 그것을 예상하고 있었던 듯 싶지만, 카로루는 크게 놀라게 된다. 목숨의 위협을 받는 유리일행이었지만 그때 '슈반'이 이끄는, 유리와 악연 깊은 기사부대가 난입해 큐모르를 대신하여 유리일행을 잡아들이게 된다.

그런 이유로 공주와 떨어진 일행은 제국이 새로 건설하고 있던 신흥도시 '헤리오드'에 압송되어 조사를 받게 되고 곧 요델 및 에스테르의 증언을 들은 제국기사단장 '알렉세이'에 의해 그간의 모든 죄를 사면받게 된다. 헤리오드를 돌아다니던 그들은 곧 제도로 돌아가게 될 공주와도 만나 잠시 함께하게 되는데 좀 있다가 돌연 도시의 실드 블라스티아가 원인불명으로 폭주하는 사태에 직면하게 된다.

블라스티아 코어로부터 에아르가 넘쳐나오는 상황에서 리타는 무리하게 블라스티아를 조정해 사태를 해결시키지만 그 탓에 몸에 큰 손상을 입게 되고, 그것을 에스테르가 자신의 힘을 이용해 치료해준다. 여기서 리타는 자신을 진정으로 걱정해주는 에스테르에게 마음을 열게되고 비로소 친구가 된다. 한편, 리타는 에스테르가 블라스티아 없이 에아르의 힘을 행사할 수 있다는 것을 이미 눈치채고 있으니 더 이상 숨기지 말라는 이야기를 한다.

에스테르는 블라스티아 없이 자기자신만으로 치유술을 쓸 수 있는 것이었고, 그것은 보통사람과 구별되는 능력이었기에 특수한 블라스티아를 착용해 그 사실을 숨기고 있었다. 유리 역시 그녀의 블라스티아를 보고 어느 정도 눈치채고 있었던 모양이었고, 리타는 더 나아가 그 원리에 대해 대강적으로 이해도 하고 있던 상황이었다. 애초에 리타가 유리 일행과 함께 움직인 초기의 목적 중 하나도 거기에 있었는지 모른다.

여하튼 그렇게 이야기를 하던 그들 앞에 갑자기 용조종자가 나타나 에스테르를 공격하고 도주한다. 다행히 유리가 그 공격을 막아내지만, 일행은 용이 왜 자신들을 공격하는지 의문을 갖게 된다. 이후 에스테르가 제도로 돌아가는 날이 오고 각자가 자신들의 길을 걸어가려 한다. 길드를 만드는 것이 꿈이라는 카로루의 이야기를 들었던 유리는 코어의 행방을 찾는 동시에 자신도 그 길드에 함께 참여하고자 생각한다.

헌데 때를 같이하여 기사단장 알렉세이가 리타에게 어느 숲에서 식물들의 이상현상이 나타나고 있어 조사해달라고 의뢰하게 된다. 리타는 처음 생긴 친구나 다름없는 에스테르를 따라가고 싶어해 의뢰를 듣지 않으려 하는데, 때문에 에스테르가 리타를 따라가려 하는 상황이 된다. 기사단장 알렉세이는 예상과 달리 결국 에스테르의 강고한 부탁을 들어주어 유리일행에 공주의 호위를 맡긴 채 리타에게 조사를 맡기고 돌아간다.

알렉세이는 기사부대의 대장 중 하나인 슈반에게 무언가 임무를 내려놓는다. 한편 조사를 하기 전에 먼저 유리는 길드나 코어 절도에 관련되어 있는 적들에 대해 알아보기 위해 5대 길드를 중심으로 뭉친 길드연합이 다스리는 영역권 중심부이자 이 세계 제2의 도시 '단그레스트'에 가게 된다. 거기서 정체불명의 적이 결계블라스티아를 손상시켜 마물의 침입이 심각하게 번지는 등 일이 꼬인 끝에 기사단 및 후렌과도 재회하고 사태를 해결키 위해 마물들이 서직하는 숲, 즉 리타가 기사단장에게 의뢰받았던 목적지로 떠난다.

숲에 들어간 일행은 거기서 분출하고 있는 에아르를 발견한다. 리타는 마물의 출몰이 에아르 크레이네의 폭주와 관계있음을 깨닫지만, 에아르의 영향을 받아 강력해진 마물들이 대거 출몰에 일행전체가 위험에 처한다. 거기서 수수께끼의 남자가 나타나는데, 유리와 에스테르는 이 남자와 전에 제도의 관문에서 만났던 적이 있었다. 레이븐이 '듀크'라고 부른 이 남자는 정체를 밝히지 않은 채 자신의 특수한 검으로 마물들을 제거하고 에아르의 분출장소 '에아르 크레이네'의 폭주를 안정화시킨 후 떠나간다.

위험에서 벗어난 일행은 다시 단그레스트로 돌아온다. 여기서 수수께끼의 남자 레이븐이 '돈'의 부하라는 것이 밝혀지는 한편, 5대 길드 중 가장 큰 '아르토스크'의 수령이자 길드연합의 수장 '돈'과 만난 유리는 일단 기사단의 대표로 온 후렌과 돈의 대화를 듣는데 무언가 상황이 악화되어 제국과 길드가 전면전쟁을 펼칠 위기에 쳐한다. 어떻게든 불필요한 혼란을 피하기 위해 유리는 후렌을 탈출시켰다가 돈에게 사태해결의 요구를 받는 등 말려들어갔다.

그런 끝에 유리일행이 마딱뜨린 것은 라고우와 길드 '블러드 얼라이언스'였다. 결국 제국과 길드 간의 전쟁은 제국과 길드연합을 각기 손에 넣으려는 라고우와 바르보스가 꾸민 음모였던 것이다. 싸움을 벌이는 도중, 후렌이 길드와 제국의 충돌을 막을 수 있는 단서를 가지고 돌아와 적들의 음모를 분쇄될 상황이 되지만, 그때 바르보스는 블라스티아를 이용한 특이한 저격무기로 후렌을 노린다.

일단 힘을 다해 저격은 막았지만 이번에는 바르보스가 유리일행을 노리고 위기에 처하는 상황. 그 무기는 리타의 상상을 뛰어넘는 블라스티아였지만, 천만다행으로 그때 용조종자가 출현해 저격무기를 파괴한다. 계획을 망친 바르보스는 돌연 새로운 검 형태의 강력한 블라스티아를 꺼내 그것을 이용해 협력자였던 라고우를 내팽개치고 어디론가로 날아 사라진다.  

바르보스를 놓치자, 리타는 블라스티아를 파괴하는 용조종자를 적대해 공격하려하지만 유리가 끼어들어 용조종자에게 같이 바르보스를 쫓아가자고 제의해 유리 혼자서 용조종자와 함께 바르보스를 쫓아가게 된다. 바르보스를 추적해 용이 향한 곳은 수수께끼의 폭풍으로 둘러쌓인 지역이었다. 그 폭풍은 바르보스가 자신의 본거지로 증축한 탑 '가스파로스트'의 꼭대기에 있는 거대 블라스티아가 기후를 조종해 일으킨 일종의 보호막이었다.

용이 브레스로 블라스티아를 부순 사이에 탑 정상에 침입한 유리는 곧 바르보스와 마딱뜨린다. 바르보스는 그 특이한 검으로 에아르를 방출해 그 힘을 예상치못한 유리를 제압한다. 한편 크리티아족이었던 용조종자 '쥬디스'도 저격무기의 기습을 받고 붙잡히는 처지가 된다. 감옥에 갇힌 두 사람이지만 빈틈을 이용해 탈출, 곧 반격을 꾀해 탑을 돌아다니고 거기서 유리를 쫓아 탑에 침입한 일행과 합류하게 된다.  

탑의 정상으로 올라온 일행은 바르보스와 조우하고 바르보스의 검에 대항한다. 유리는 바르보스의 검이 자신이 찾던 블라스티아 코어를 이용해 만들어져있음을 깨닫고 코어 절도 사건의 진범이 그임을 알게 된다. 하지만 바르보스의 검은 그들이 접해왔던 그 어떤 무기형 블라스티아보다 강해 이길 수 없는 상황이 되는데 갑작스럽게 나타난 듀크가 바르보스의 블라스티아를 파괴하고 사라진 덕에 바르보스를 패배시키고 도둑맞은 코어를 되찾는데 성공한다.
 
계획이 좌절된 바르보스는 투신자살하고 일행은 무사히 단그레스트로 귀환한다. 허나 사건의 주범 중 하나로 붙잡혔던 라고우는 평의회의 권한을 이용해 자신에 대한 처벌을 경미하게 만든 채로 복수를 노리며 활보하고 다닌다. 이 사실을 알고 분노한 유리는, 기사대장으로 승진한 후렌과 대화를 나눈 후 그에게는 비밀로 라고우를 찾아내 암살하게 된다. 손을 더럽힌 유리는 고민을 하게되고 제국의 요구에 의해 마지못해 제도로 돌아가는 에스테르의 배웅에도 오지 않는다. 대신 그는 제국을 떠나 카로루의 길드에 몸을 담기로 결정을 하게 된다.

그런데 그 때 갑자기 수수께끼의 마물이 단그레스트에 날아와 공격을 퍼붓는다. 다시 아수라장이 되는 도시 속에서 밖으로 나온 유리는 쓰러져있는 후렌을 발견하고 위험에 빠진 에스테르를 구하기위해 달려간다. 마물은 에스테르를 노리고 온 것이었다. 에스테르의 앞에서 그 마물은 신기하게도 사람의 말을 하며, 에스테르를 '세계의 독'이라고 지칭한다.

곧 공주호위를 목적으로 온 기사단의 궁극병기 헤라클레스가 마물을 향해 포격을 퍼붓기 시작하고 마물이 피해다니는 사이에 에스테르에게 온 유리는 그녀에게 앞으로 어찌할 것인지 묻게된다. 에스테르는 유리일행과 함께 더 여행하고 싶다고 대답하고 그것을 들은 유리는 뒤쫓아온 후렌에게 마을의 블라스티아 코어를 맡긴 채 자신을 따라온 카로루, 쥬디스 및 에스테르와 함께 제국의 추적을 따돌리며 단그레스트를 떠나 여행을 계속해간다.

단그레스트를 떠나며 카로루와 유리는 정식으로 길드를 조직하게 된다. 마음에 들었는지 쥬디스도 용조종자라는 사실을 유리 이외에게는 숨긴 채 일행과 함께 여행을 하기로 하고 길드에 가담한다. 황녀인 에스테르는 길드에 아직 가담하지는 않지만 함께 여행을 하기로 한다. 그리고 에스테르가 길드에 이름을 붙여 '브레이브 베스페리아'라는 이름으로 이들은, '세계의 독'이라 불린 자신에 대해 알아보고 싶어하는 에스테르의 의뢰를 첫 일거리로 하여 새 출발을 하게 된다.

자신에 대해 알고자 하는, 그렇게 해서 앞으로의 삶을 정하려하는 에스테르. 길드를 시작해 자신의 살아가는 방식을 찾으려는 유리. 길드를 세우고 길드연합의 우두머리 '돈'과 같은 인물이 되려는 카로루. 목적은 수수께끼지만 일단은 함께 길드원으로서 여행을 하는 쥬디스.

우선 에스테르는 자신을 습격했던 마물을 쫓으려 하는데, 쥬디스가 흥미로운 정보를 제공해준다. 쥬디스가 아직 타인들에게 비밀로 하고 있는 용 '바우르'와 함께 여행하던 시절 그 마물과 만났다는 이야기였다. 쥬디스는 바우르를 그저 옛 친구라고만 말하는데, 그러면서 그 마물의 이름이 '페로'라는 것과 데즈에르 대륙의 사막에서 만났었다는 것을 이야기한다.

그래서 항구로 돌아가 대륙을 건너려 한 일행은 우선 도중에 있는 도시 헤리오드에 들리는데 거기서 이 도시의 새로운 집정관이 되었다는 큐모르의 심상치 않은 행동을 알게되고 이전에 구해주었던 가족이 다시 위험에 빠졌다는 것을 알아 구출해주기로 마음먹는다. 그러다가 헤리오드에서 한 마도사가 소동을 일어키는 사건이 벌어져 유리 일행은 다시 리타와 합류하게 된다.  

리타는 헤리오드에서 있었던 실드 블라스티아 폭주건에 대한 관심으로 헤리오드에 들렸다가 블라스티아를 이용한 기사단의 수상한 움직임을 보고 숨어들었다가 붙잡혀서 소동을 일으키고 있었던 것이었다. 사태를 대강 이해한 유리 일행은 곧 큐모르와 그가 손을 잡고 있는 5대 길드의 하나 '리바이어던의 손톱'의 수장 '이에가'의 대화를 엿듣고 그가 이전 라고우와 비슷한 음모를 꾸미고 있음을 알게된다.

일단 큐모르에게 속아 헤리오드에서 강제노동을 하고 있는 사람들을 구출하기 위해 잠입한 그들은 큐모르 및 이에가와 충돌하는데, 도중에 후렌의 기사대가 불법행위를 하고 있는 큐모르를 제압하기 위해 쳐들어오게 되고 혼란을 틈타 큐모르와 이에가는 탈출하게 된다. 이들을 쫓다가 놓친 유리 일행은 다시 에스테르의 본 의뢰에 따라 항구로 향하기로 한다.

이때 레이븐이 길드연합의 임무로 돌연 등장하여 유리 일행과 합류, 레이븐은 길드연합이 제국과 말썽이 생기지 않도록 황녀를 호위하고 있는 브레이브 베스페리아 길드를 감시하고자 한다는 이야기와 함께 데자에르 대륙에서 투기장을 운영하고 있는, 길드연합에 필적하는 대형길드 '팔레스토라레'의 항구도시 '노드 폴리카'의 통령 '베리우스'에게 돈의 편지를 전하는 임무를 맡았기에 동행하겠다고 한다. 돈은 이전에 단그레스트를 습격했던 마물, 즉 페로에 대해서 뭔가를 알고 베리우스에게 질문을 보냈던 것이다. 이런 이유로 일행들도 노드 폴리카에 들려 베리우스와 만나기로 마음먹는다.
 
한편 리타도 고민 끝에 여러 가지 이유로 에스테르의 여행에 같이 하기로 하여 여행인원은 다시금 6명(+1마리)가 된다. 그리하여 항구에서 대륙을 건너기 위한 배를 구하려던 일행은 유리와 에스테르가 여행 초기에 들렸던 관문에서 알게된, 5대 길드 중 하나 '길드 더 마르쉐'의 보스와 만나 호위를 대가로 함께 대륙을 건너게 된다. 호위임무를 마치고 보수로 마르쉐에서 쓸모없는 배를 건네받은 일행은 대륙을 건너던 중 유령선과 조우하여 무언가 수수께끼의 물건 '크리아시엘'이 담긴 상자를 얻기도 하며 곧 노드 폴리카에 도착한다.  

하지만 베리우스는 초승달의 때에만 타인과 만나기에 한동안 기다려야 하는 상황이 되고, 하릴없이 일행은 시간을 보내는 중 한 길드 '루인즈 게이트'의 수장으로부터 베리우스가 위험하다며 투기장에 나가달라는 의뢰를 받고 수행하게 된다. 의뢰 중에 '엔테레케이아'라든가 이상한 단어가 나오지만 그다지 중요한 이야기는 아니었고 보통의 의뢰가 될 것이었지만 투기장에서 만난 상대는 예상외로 후렌이었고 이들은 곧 기사단과 브레이브 베스페리아 모두 계략에 걸렸다는 것을 깨닫는다. 동시에 갑작스럽게 이전에 만났던 '쟈기'가 난입하고 투기장에 있던 마물들까지 모두 풀려나 아수라장이 된다.

마물에 대항하는 도중 리타의 블라스티아가 에스테르가 들고있던 크리아시엘의 상자 때문에 폭주하는 현상이 일어나고 거기에 일행이 당황한 사이, 상자를 의뢰인에게 강탈당한다. 재빨리 그를 쫓아간 일행은 노드 폴리카 밖의 산맥에 있던 동굴에 당도하고 그 안에서 갑작스럽게 폭주하는 에아르 크레이네와 접하게 된다. 거기서 꼼짝못하게 된 때 이상한 마물이 나타나 에아르를 흡수하고 사라진다. 쥬디스를 제외하면 당황한 일행들이었지만 일단은 도망친 절도범을 쫓아 따라간다.

그런 끝에 따라잡은 유리 일행은 상자를 되찾는데 성공한다. 그때 의뢰자가 본모습을 드러내는데 그는 다름아닌 이에가가 변신하고 있던 모습이었다. 상자를 배앗는데 실패한 이에가는 도주하고 이들도 이에가가 도주한 방향으로 동굴을 나와 사막지역에 당도하여 오아시스 마을인 '만타이크'에 도착한다. 이 마을에도 기사단이 있는 것을 보고 좋지 않은 예감을 느낀 유리였지만, 일단은 페로를 찾기위해 사막으로 여행을 떠나기로 한다. 또 마을 아이로부터 부모님이 사막에서 행방불명되었다는 이야기를 듣고 수색도 하기로 한다.

행방불명된 사람을 찾은 채 사막을 헤매던 일행은 원치않게 엄청나게 강력한 수수께끼의 마물과 만나 고전을 한다. 겨우 적을 물리치고 그 적으로부터 페로의 깃털 하나를 얻은 일행이었지만 체력을 다해 모두 사막에 쓰러지고 만다. 그때 유리는 페로의 잔상을 보면서 기절하게 된다.

정신을 차렸을 때 일행은 알 수 없는 지역에 있었다. 상황을 알 수 없었던 유리 일행은 마을을 둘러보는데 그 마을은 결계도 없이 평화로이 존재하는, 일반적인 상식으로는 있을 수 없는 마을이었다. 거리를 돌아본 레이븐은 이 마을에 유령선에서 언급된 1000년도 넘게 전에 있었던 마을 '요무겐'인 듯 하다고 말한다. 수수께끼를 느낀 유리일행은 마을사람과 이야기를 나누고, 곧 상자를 열 수 있는 사람을 만나 안에 있는 크리아시엘을 꺼대지만 수수께끼는 더욱 깊어져만 갈 뿐이었다.

결국 마을을 이끄는 현자의 집에게까지 찾아간 일행은 거기서 듀크를 만나게 된다. 듀크는 일행들이 요무겐에 온 것을 신기하게 생각하지만 곧 일행들의 크리아시엘을 보고 그것을 에아르의 집합체이자 블라스티아 코어의 원형 '아파티아'라 부르며 그것을 가지면 불행하게 될 뿐이라고 하고 자신의 특수한 검을 사용해 아파티아를 제어해 본래의 에아르로 되돌려보낸다. 레이븐은 아파티아를 아까워하지만 곧 일행들은 다른 질문으로 넘어간다.

에스테르는 자신이 페로에게 '독'이라고 불린 것에 대해 듀크에게 물어보게 되고 듀크는 페로가 마물이 아닌 '엔테레케이아'라는 것과 에스테르가 엔테레케이아가 싫어하는 힘의 사용자 '만월의 아이'라는 것을 가르쳐준 채 떠나간다. 이후 만타이크로 되돌아온 유리 일행은 아이들에게 행방불명됬던 부모를 돌려보내려 하다가 큐모르의 행패를 목격하게 된다.

알고보니 헤리오드에서 도망친 큐모르가 사막마을 마타이크에서 계속 음모를 꾸미고 있었고 그 일환으로 마을 사람을 강제로 착출해 보내고 있었던 것이었다. 일단 마을 사람들을 끌어가던 마차를 몰래 망가뜨려 시간을 끈 유리 일행은 큐모르의 눈을 피해 마을 안에 숨는다. 그리고 밤이 되자 유리는 더 이상 용서할 수 없게 된 큐모르를 일행 몰래 급습해 죽게 만든다.

하지만 큐모르를 쫓아왔던 후렌이 그 광경을 보게되고 후렌은 유리와 둘만이서 대화하자고 한다. 알고보니 그날 밤 큐모르를 쫓아온 후렌의 기사대가 만타이크에 진입한 것이었다. 자유를 되찾은 만타이크의 밤에 오아시스에서 만난 두 사람은 서로 의견충돌을 보이는데 법을 지키고 제국의 틀 안에서 현실을 변화시켜야 한다고 주장하는 후렌은 그동안에 희생되는 사람들을 무시할 수 없다는 유리를 자신의 손으로 붙잡으려 한다.

하지만 그때 후렌의 부관이 나타나 노드 폴리카를 봉쇄했다는 이야기와 길드 '마를 베는 자'가 노드 폴리카로 움직였다는 이야기를 전하고 그 사이에 유리는 몸을 감추게 된다. 곧 에스테르가 두 사람의 대화를 엿듣고 있었다는 것이 드러나고 그러나 에스테르는 유리를 믿는다며 계속 함께 여행하겠다고 말한다. 한편, 노드 폴리카에 볼일이 있었던 참에 봉쇄 이야기를 들었기에 유리 일행은 서둘러 베리우스에게로 돌아가려 한다.

기사단에 의해 길들이 봉쇄되어 있었지만, 무력으로 뚫고 지나간 유리 일행은 지금은 안정되어 있는 에아르 크레이네를 다시 지나가게 되는데 이 때 리타가 에아르 크레이네의 폭주원인에 대해 어떤 가설을 생각하게 되지만 입밖으로 내지는 않는다. 노드 폴리카에 도착한 유리 일행은 마침 초승달의 밤이 되자 베리우스에게 만나게 되고 거기서 베리우스가 인간이 아닌 엔테레케이아라는 것을 알고 놀란다. 그녀가 엔테레케이아였기에 페로에 대해서도 알고 있었고 돈의 편지를 받았던 것이다.
 
레이븐의 임무를 처리한 후 에스테르는 베리우스에게 '만월의 아이'에 대해서 물어보는데, 그때 갑자기 '마를 베는 자'의 수령 등 두 사람이 급습해오면서 아수라장이 된다. 그들은 엔테레케이아를 마물의 지도자로 보고 쓰러뜨리러 온 것이었다. '마를 베는 자'가 노드 폴리카를 점거하고 있다는 것을 안 베리우스는 유리 일행에게 자신의 부하를 지켜달라고 하고 자신을 습격한 두 사람은 직접 상대하겠다고 한다.

유리 일행은 곧 투기장 쪽으로 향해 베리우스의 부하를 구하려 하는데 상황은 악화되어 길드연합이 이 사건에 얽혀있음을 알게된다. 곧 상처입은 베리우스가 모습을 드러내고 습격자 두 사람도 힘을 소진한 채 나타난다. 에스테르는 무의식적으로 베리우스를 상처하기 위해 가까이가고, 베리우스는 안된다며 에스테르를 막으려 하지만 그만 늦고만다.

에스테르가 치유의 힘을 발하는 순간, 그 힘에 반응한 그 의지에 관계없이 베리우스는 날뛰기 시작하고 폭주를 시작한다. 자신의 탓이라는 것을 알고 충격을 받는 에스테르지만 상황을 벗어나기 위해 우선 베리우스를 쓰러뜨리게 된 일행은 에스테르의 힘이 엔테레케이아에게 독이 되었음을 알아 비통해한다. 쓰러진 베리우스는 에스테르가 절망하지 않도록 말을 남기고 그대로 아파티아로 화한다.

'마를 베는 자'의 수령은 아파티아를 내놓으라고 말하고 분위기가 험악해지는 가운데에서 후렌의 기사대까지 난입, 그 혼란을 틈타 일행은 침울해하는 에스테르와 붙잡힐 위기에 처한 길드연합의 대표를 데리고 노드 폴리카를 탈출하여 자신들의 배로  향한다. 그때 후렌이 앞을 가로막고 그 역시 아파티아를 내놓으라고 엄포한다.

유리는 후렌이 하는 행동이 제국의 악당이 하는 강탈과 다를 바 없다는 것을 지적하고 후렌과 충돌하게 된다. 그 과정에서 후렌은 유리가 라고우와 큐모르를 암살했다는 것을 말하게 되지만, 결과적으로 유리에게 아무 말을 할 수 없게 되어 움직이지 못하고 그 사이에 유리 일행의 배는 항구를 탈출하게 된다.

곧 기사단 함대에 포위된 일행이었지만, 배에 새로 장착했던 신형 항해용 블라스티아가 엄청난 힘을 발휘해 무사히 따돌리는데까지 성공하고, 리타는 그 성능에 놀라며 흥미를 갖는다. 또 그 성능에 아파티아가 반응하는 것도 발견하게 된다. 하지만 갑자기 쥬디스가 그 블라스티아를 파괴하고 용 바우르를 불러 작별을 고한채 떠나감으로서 일행은 전환기를 맞게 된다.

리타는 쥬디스의 정체에 충격을 받게 되고 에스테르 역시 베리우스의 죽음에 계속 침통해하지만 유리는 이들을 달래 계속 여행을 하게 이끈다. 그렇게 단그레스트로 돌아온 일행은 베리우스의 죽음에 대해 길드연합에 책임을 묻는 노드 폴리카의 세력 때문에 혼란상태가 되어 있었고 더욱이 수장 돈이 자리를 비우고 있다는 것을 깨닫는다.  

길드연합이 노드 폴리카를 습격했던 것은 '리바이어던의 손톱' 길드의 수령 이에가가 아파티아에 대한 거짓정보를 흘려 돈을 속였기 때문이었고, 그것을 깨달은 돈은 몸소 이에가를 붙잡기 위해 단독으로 이에가의 아지트에 향했던 것이었다. 사태가 심상치 않음을 느낀 유리 일행은 곧바로 이에가의 아지트로 향하고 거기서 돈을 만나지만, 이에가를 붙잡는데는 실패하고 만다.

돈은 거짓정보에 속아 노드 폴리카의 통령을 죽인 책임을 지고 길드원들의 앞에서 자결하고 이를 통해서 겨우 길드 간의 무력충돌을 막게 된다. 존경하던 사람의 죽음으로 충격을 받는 카로루였지만, 유리와의 대화와 고민 끝에 다시 기운을 되찾아 여행을 계속하기로 한다. 그렇게 에스테르, 리타, 카로루 모두 성장하고 각자의 목적을 함께 이루기로 생각해 우선 쥬디스를 찾아 다시 길을 떠나게 된다.

돈의 아지트에서 '마를 베는 자'들이 바우르를 쫓아 데무쟈 산이라는 곳으로 떠났다는 것을 들었기에 데즈에르 대륙의 예상되는 지역으로 찾아간 일행들은 인마전쟁 때 멸망한 크리티아족의 마을에서 쥬디스를 찾아내는데 '마를 베는 자들' 역시 그곳에 와 있었고 습격을 받게 되어 물리친다. 일행과 다시 합류하게 된 쥬디스는 그제서야 사실을 말하게 된다.

그녀는 예전에 위기에 처했던 것을 바우르에게 구출받은 뒤 세계를 구하려 했던 엔테레케이아의 의지를 따라 블라스티아 중에서도 인마전쟁의 원인이 되었던, 에아르를 크게 소비해 강력한 힘을 발하는 개량형 블라스티아 '헤라클레스식'을 파괴하고 다녔다는 것이다. 에아르의 교란을 막기위해 움직이고 있었다는 이야기였다. 그러는 도중 에아르를 혼란시키는 원인으로 블라스티아가 아닌 인간 에스테르를 보게되고 일행과 얽혀들게 된 것이었다. 더욱이 그녀는 엔테레케이아 페로와 만났을 때도 에스테르를 감시하겠다고 스스로 역할을 맡고 있었다.

한편 바우르도 성장하여 엔테레케이아가 되어 정체를 드러낸다. 그것은 거대한 용의 모습이었다. 쥬디스의 말에 의해 모든 일에 에스테르의 비밀 역시 관련되어 있음이 밝혀지고 일단 쥬디스에 대한 길드의 처분은 보류한 채 일행들은 페로를 만나러 간다. 바우르를 이용해 배를 송두리째 들어올려 공중을 날아가면서 말이다.

곧 일행들은 페로가 자리하고 있는 지역으로 가고 만나게 된다. 페로는 자연적으로 에아르를 소비하면서 결과적으로 세계의 균형을 망가뜨리는 '만월의 아이'를 적대하는 입장을 보인다. 이는 에스테르의 능력에 대해 리타가 세운 가설과 같은 것이었다. 페로는 에스테르를 죽이려 하지만, 다른 방식으로 해결할 수 있도록 좀 더 시간을 달라는 쥬디스의 간곡한 청을 받아들여 행동을 유보하기로 하고, 에스테르와 같은 '만월의 아이'가 고대에 어떤 재앙을 불렀나 알아보려면 블라스티아를 처음 개발했던 옛 종족 크리티아족의 마을에 가라고 말한다.

쥬디스가 남아있는 크리티아족 도시의 위치를 기억하지 못하는 까닭에 세계로부터 숨겨져있는 그 도시에 가는 방법을 알기위해 유리 일행은 아르피오에 와있다는 크리티아족을 찾아가게 되고 세계를 위기로부터 구하기위해서이니 장소를 가르쳐달라고 부탁하고, 조건부로 승낙을 얻어낸다. 제국이 크리티아족이 성지로 여기는 숲에 수상한 블라스티아를 설치하고 있으니 그것을 막아달라는 이야기였다.

곧바로 해당장소로 향한 유리 일행은 제국기사단의 친위대가 수상한 강화형 블라스티아 포대를 설치하고 있음을 알고 악용을 막기위해 무력화시킨 후. 크리티아족 거점인 공중도시 '묘르조'에 들어간다. 그 도시는 거대한 엔테레케이아에 의해 공중에 떠있었고 블라스티아를 전혀 사용하지 않는 특이한 마을이었다. 크리티아족들은 갑작스런 방문객들에게 놀라면서도 느긋하게 별 반응을 보이지 않는 듯 했다. 장로와 만난 이들은 고대의 사건에 대해 물어보고 그 기록인 벽화를 관람하게 된다.

벽화에 기록되어 있던 것은, 고대에 크리티아족이 고대 게라이오스 문명의 기초인 블라스티아를 개발했지만 그 지혜의 보급이 에아르를 혼란을 부추겨 결국 '성식'이라는 재앙을 만들어냈고 그것을 막기위해 '만월의 아이'들이 목숨을 바쳤으니 그렇게 해서 '성식'은 자취를 감추었다는 이야기였다. 즉, 벽화는 에아르의 혼란을 막는 방법으로 '만월의 아이'가 죽는 것을 의미하고 있었다. 또 여기서 블라스티아 코어가 아파티아를 가공하여 만드는 것이라는 사실도 알게된다.

에스테르를 구할 수 있다는 희망을 크게 부정하는 이야기를 보게 된 일행들은 약간 충격을 받게 된다. 아마도 페로는 그 사실을 알게하여 이들에게 에스테르를 포기시키려 했던 모양이었다. 에스테르는 크게 상심해서 밖으로 뛰쳐나간다. 이후 그들은 에스테르가 돌아올 때까지 숙소에서 기다리기로 하지만, 갑자기 어떤 충격이 일어나고 심상치 않게 여겨 상황을 알아본 결과 도시 외곽에 있던 전송기 역할의 블라스티아가 작동하고 있음을 알게된다. 그리고 묘르조에 에스테르와 함께 레이븐이 자취를 감추었다는 것도 깨닫는다.

유리는 레이븐의 이전 수상한 언동들을 생각하면서, 그리고 맨 처음 성에서 만났을 때를 기억하고 뭔가를 깨달으며 후회하게 된다. 묘르조를 지탱하는 엔테레케이아로부터 블라스티아가 에아르를 움직인 방향을 듣게된 일행은 서둘러 에스테르를 쫓아 요무겐 마을 방향으로 향한다. 하지만 그곳은 예전과 달리 완전한 폐허였다. 그렇다기보다도 요무겐은 이미 몇백년전에 멸망한 듯한 모습이었다.

일단 거기서 예전 아파티아를 절도당했을 때 동굴의 에아르 크레이네를 안정화시켰던 마물과 듀크가 있다가 함께 떠나는 것을 발견하고 그 후 그 둘을 쫓아온 듯 보이는 알렉세이가 나타난다. 알렉세이는 목표를 놓쳤다며 아까워하다가 유리 일행을 보고 여기까지 온것을 신기하게 생각하며, 본성을 드러낸다. 그는 라고우나 큐모르의 악행을 계획적으로 이용하고 그 뒤에 숨어서 제국의 지배를 넘어 세계 전체와 에아르까지 지배하려는 야망을 갖고 있었던 것이다. 몰래 에스테르를 납치한 것도 바로 그였다. 레이븐도 알렉세이에 협력한 것으로 논리가 연결된다.
 
알렉세이는 당장의 목표물은 포기하고 다음 목표로 자리를 옮기기로 한 채 이에가에게 유리 일행 및 황위계승후보 요델의 처리를 맡기고 사라진다. 허나 이상하게도 이에가는 오히려 유리에게 에스테르가 있는 장소를 가르쳐준 채 모습을 감춘다. 후렌을 잠깐동안 책한 유리는 곧 후렌에게 요델의 안위를 맡기고 자신은 일행과 함께 에스테르의 구출을 위해 데즈에르 대륙 서쪽 '히피오니아' 대륙에 있다는 '팍티온' 신전으로 향한다.

목적지로 향한 후 그들은 기사단의 거대병기인 헤라클레스가 팍티온 신전의 엔테레케이아를 공격하는 모습을 보고 서둘러 팍티온 신전으로 내려 알렉세이와 만나게 된다. 알렉세이는 에스테르의 '만월의 아이'로서의 힘을 도구로 이용하기 위해 그녀를 붙잡고 그동안 연구했던 고대문명의 기술로 아파티아를 이용하고 있었다. 그 방법은 에스테르에게 무리를 주면서 알렉세이에게 엄청난 에아르의 힘을 사용하게끔 하여 유리 일행도 위험에 빠지는데, 당장의 위기는 후렌이 보낸 두 명의 부하 덕에 겨우 모면한다.

후렌의 부관인 '소디아'는 비정상적으로 심하게 유리를 후렌의 영광에 폐가 된다며 미워하는 모습을 보인 채 떠나가고, 다른 부하가 대신 후렌이 유리에게 부탁한다고 했다는 말을 전해준다. 유리 일행은 다시 걸음을 재촉해 팍티온 신전을 들어가는데, 도중에 에아르를 이용한 고대의 봉인결계에 막히고 만다. 리타는 자신의 힘으로도 열 수 없다는 것에 절망하지만, 그때 돌연 듀크가 나타난다.

그는 팍티온 신전 근처에서 에아르 크레이네가 폭주하고 있음을 밝히면서 그 원인인 에스테르를 죽이러 왔다는 것을 암시하지만 유리가 자신들의 방법대로 사태를 해결하고 에스테르를 구해내겠다고 천명하자 그 뜻에 희망을 걸겠다고 하며 검을 빌려준 채 돌아간다. 그동안 에아르를 조정해 안정시키는 힘을 보여줬던 듀크의 검은 다름아닌 제국황실의 비보 '데인노모스'였다.
 
데인노모스를 빌린 유리일행은 그 검으로 봉인결계를 풀고 신전 깊숙이 들어간다. 거기서 신전의 주인인 엔테레케이아 '아스타르'를 에스테르를 도구로 사용해 쓰러뜨린 알렉세이를 발견하고 분노하는 일행들이었다. 알렉세이는 오랫동안 찾아왔던 데인노모스가 유리에게 있음을 보고 놀라지만 이제 별 의미없는 것이라며, 에스테르의 힘을 이용해서 시간을 벌어 자리를 뜨고 대신 유리 일행은 자신의 부하이자 기사대장의 하나인 슈반과 상대하게 만든다.

슈반을 본 유리 일행은 경악하게 되는데 슈반은 다름아닌 레이븐이었다. 의심하고는 있었지만 현실을 직접 보게 된 일행들은 충격을 받고, 특히 믿었던 상대의 배신에 민감한 리타는 크게 분노하게 된다. 전투 도중 슈반의 진실이 드러나는데 본래 인마전쟁에서 심장을 당해 죽은 그였지만, 알렉세이가 심장을 대신해 에아르의 코어가 아닌 장착자의 생명력을 이용하는 특수 블라스티아를 달아놓아 되살려 이용하고 있었던 것이다. 안식을 바란 그는 일부러 유리의 칼에 자신에게 맞도록 하고 죽으려 하지만 그래도 죽지 않는 바람에 실패로 돌아간다.  

알렉세이는 슈반과 유리 일행 모두 신전째로 묻어버리려 하고, 그때 유리는 슈반을 설득해 마음을 돌리도록 한다. 유리의 설득이 계속되자 결국 슈반은 레이븐으로서 유리 일행을 돕기로 하고 막힌 길을 열어준 채 무너져가는 신전의 천장을 받쳐 도망치게 해준다. 레이븐이 동료로서 희생해준 것에 슬퍼하는 리타와 카루르를 달래며 에스테르를 구하려 탈출한 유리는 도중에 슈반 기사대의 악연깊은 기사들과 재회해 슈반의 최후를 알린 후 알렉세이가 타고 간 것으로 생각되는 헤라클레스를 바우르를 이용해 쫓아간다.

헤라클레스에서 어이없게 레이븐과 재회한 일행들은 당황하게 된다. 그 상태에서도 죽지않고 돌아온 것이었다. 이후 온갖 방어망을 뚫고 사령실에 들어간 일행이지만, 사령실에 알렉세이는 없었고 대신 있는 것은 전에도 싸운 적 있는 쟈기였다. 알렉세이의 함정에 빠졌다는 것을 깨달은 그들은 광기로 뭉친 그를 쓰러뜨리지만 방심한 사이에 다시 선 쟈기에게 불의의 일격을 받게 되는데, 돌연 이에가가 나타나 구해준다. 이에가는 기사단이 너무 강하면 자신에게 좋지 못하다면서 유리 일행에게 알렉세이가 제도에 있다는 것을 알려준 채 다시 떠나간다.

발등에 불이 떨어진 상태인 유리 일행은 제도를 향해 주포를 조준하며 폭주하려는 헤라클레스를 정지시킨 후 이에가의 말대로 제도로 향하고 제도의 탑 꼭대기에서 에스테르를 이용해 무언가를 하고 있는 알렉세이를 발견한다. 바우르로 바로 앞까지 도달한 유리는 에스테르를 구하기 위해 뛰어들지만 알렉세이는 노렸다는 듯 에스테르에 모인 에아르를 개방시켜 엄청난 에너지 폭풍을 일으키고 바우르째로 유리일행을 날려버리게 된다.

꼼짝없이 당한 유리 일행은 숲에 떨어져 부상을 입고 그 위치에서 가까운 항구도시인 노므에 가서 치료를 받아 다시 제도로 향하려 하지만, 헤라클레스가 폭주할 때 한발 발사되었던 주포에 의해 제도로의 길이 못쓰게 되었음에 당황한다. 바우르도 상처를 입어 이들을 싣고 날수는 없는 상태였기에 큰 문제가 되지만, 예전에 구해줬던 마을 주민이 유리 일행에게 빙해지역을 통해 돌아가는 방법을 가르쳐 주어 그 길을 통해가게 된다.

빙해지역을 통과하는 중 매우 안정된 형태의 에아르 크레이네를 발견한 일행은 그것을 이용하는 마물과 만나 위기에 처하지만 카로루의 활약으로 겨우 이겨내고, 또 여기에서 리타가 에아르 안정에 대한 힌트를 얻기도 한다. 고생 끝에 빙해지역을 넘어 제도로 향하던 그들은 일단 마을 하루루에 들렸다가 요델을 비롯한 제도 사람들이 그 마을에 피난와 있음을 알게 된다. 에스테르의 힘 때문에 제도는 그야말로 지옥이 되어 있다는 이야기였다.

하지만 하층민 지역의 사람들은 미처 피난시키지 못했다는 것을 듣고 착잡해하는 유리. 그들은 제도로 향해가고 끔찍한 모습이 되어있는 도시를 본다. 데인노모스의 덕택에 넘쳐나는 에아르 지역을 통과한 일행은 궁성으로 들어간다. 궁성 안은 알렉세이가 그렇게 지시한 것인지 외부의 에아르로부터 보호되고 있었다. 곧바로 에스테르를 이용한 음모가 진행되고 있는 성탑의 꼭대기로 향하는 유리는 도중에 슈반 기사대가 하층민들을 성안으로 대피시켰다는 것을 알게되고 안심한다.

그후 에스테르가 있는 곳에 다다르는 일행은 그러나 에스테르를 이용하는 알렉세이를 붙잡을 수 없었다. 알렉세이는 자신의 계획을 진행시켜 바다에 잠겨있던 고대문명의 유산 '쟈우데 불락궁'을 끌어올리고 그곳으로 옮겨가며 에스테르를 조종해 유리일행과 싸우게끔 한다. 에스테르는 남아있는 의식으로 자신이 더 큰 피해를 입히기 전에 죽여달라고 유리에게 부탁하게 되고 유리는 그녀를 편안하게 해주겠다며 마딱뜨린다.

유리는 에스테르의 공격 뚫고 그녀에게 마음을 담은 소리로 그만 돌아오라고 전하고, 거기에 반응한 에스테르는 드디어 알렉세이의 조종을 깨뜨려 제정신을 되찾고 거기에 따라 제도의 충만한 에아르들도 다시 원래대로 돌아간다. 하지만 알렉세이가 걸어놓은 술식에 의해 자신의 능력을 조정하지 못하게 된 에스테르는 곧 자기 주변의 에아르를 폭주시키는 상태가 되고, 절규하게 된다. 그때 리타가 에스테르에게 걸려진 술식을 필사적으로 해석해 유리가 든 검 데인노모스를 핵심으로 일행전체의 힘과 연합해 에스테르의 힘을 조정하는데 성공, 비로소 그녀를 해방시키게 되어 구출을 완료한다.

리타는 데인노모스를 연구하면서 에스테르에게 갖가지 술식을 걸어 에스테르가 에아르가 아닌 그녀자신의 생명력을 이용해 힘을 사용하도록 변환시키는데 성공한다. 물론 이는 치유술을 과하게 사용하면 목숨에 영향을 끼치는 것이었기에 리타는 에스테르가 앞으로 무리하지 않게끔 하려 한다. 하지만 쟈우데 불락궁의 알렉세이를 잡으러 가는 유리 일행을 에스테르는 끝내 따라오기로 결정한다.

마침 상처가 나은 바우르가 그들을 옮겨주었고 때를 맞춰 현재 남은 엔테레케이아들의 맹주인 페로가 쟈우데 불락궁에 출현해 공격을 받고 있었고 그 틈에 유리 일행은 유적 안으로 무사히 잠입한다. 알렉세이의 친위대나 이에가의 부하들과 싸우며 이에가까지 쓰러뜨린 일행들은 이에가 역시 레이븐과 마찬가지로 죽은 상태에서 되살려져 이용당하고 있었다는 것을 알게된다. 어쩌면 이에가가 그들에게 묘하게 도움을 줬던 것도 알렉세이에 대한 반감이 작용했던 것인지 몰랐다.

그런 현실을 뒤로 한채 알렉세이에게 다다르는 유리 일행. 알렉세이는 그동안의 연구와 에스테르의 힘을 이용해 이미 데인노무스와 비슷한 능력의 검까지 만든 상태였다. 허나 아직 쟈우데 불락궁의 고대 블라스티아 술식은 해석중이라는 것을 안 유리 일행들은 알렉세이를 저지하기 위해 싸우게 된다. 강력한 적이었지만 힘을 다해 그를 쓰러뜨리는데 성공하는데, 알렉세이는 싸우면서도 해석을 계속하고 있었다.

쓰러진 상태에서 해석을 완료한 알렉세이는 쟈우데 불락궁을 다시 작동시키고 그것으로 불합리한 현세계를 리셋시키고 이상적인 신세계의 지배자가 될 힘을 얻으려 한다. 그때 유리가 빠르게 달려들어 데인노모스로 알렉세이의 검을 무력화시키고 파괴하지만, 유적인 이미 움직여 하늘로 빛을 발한다. 그 빛은 '브레이브 베스페리아'라 불리는 테루카 류미레스에서 가장 밝게 빛나는 별빛-사실은 고공에서 쟈우데 불락궁과 연결되어 떠있던 블라스티아 코어-에 향하고 거기에 반응하듯 하늘의 일부가 열린다.

아이러니하게도 알렉세이와 일행들이 거기서 본 것은 절대적인 힘 같은 것이 아니었다. 불길한 어떤 것이 하늘의 구멍으로부터 떨어져 나왔던 것이다. 알렉세이는 그 불길한 모습을 보고 진실을 꺠닫는다. 고대에 있었던 재액 '성식'은 소멸한 것이 아니라 '쟈우데 불락궁'에 의해 봉인되어 있었던 것일 뿐이라는 것을 말이다. 고대문명과 에아르를 조종하는 블라스티아 기술에 가장 앞서있었던 알렉세이였지만, 쟈우데 불락궁이 어떤 기능을 했는지 완전히 잘못알고 있었고 그 결과 봉인되었던 '성식'을 다시 세계에 해방시키는 결과를 낳았던 것이었다.

세계를 자신의 이상대로 지배하고자 했던 알렉세이는 거꾸로 세계를 파멸시킬 상황이 되자 실성한 채로 웃고 그런 그를 유리는 베어버린다. 알렉세이는 결국 떠있던 코어가 쟈우데의 꼭대기에 떨어지면서 깔려 죽고 유리 일행도 유리를 반대쪽에 남겨둔 채 분단된다. 홀로 선 유리는 알렉세이를 해결했으나 더 심각한 상황이 된 세계를 바라보며 허탈해하는데 그때 돌연 후렌의 부관인 '소디아'가 나타나 그를 찌르고 그대로 바다로 떨어뜨려 행방불명시켜 버린다.

알렉세이를 무찌른 일행은 행방불명된 유리를 탐색하지만 찾지 못한채 결국 유리가 언젠가 돌아올 것이라는 것을 믿은 채 세계를 구하기 위해 각기 자신들의 마을로 돌아가 각자 할 수 있는 일을 우선적으로 행하게 된다. 

에아르 연구에 있어 천재 마도사라 불렸던 리타조차 넘어 고대문명에 근접해있던, 여태까지 모든 사건의 진정한 흑막 알렉세이의 음모로부터 가까스로 에스테르와 세계를 구해내는데는 성공했지만, 세계를 집어삼키는 재액 '성식'과 마딱뜨리게 된 일행들. 그리고 행방불명된 유리.

유리는 어느날 제도에 있는 자신의 방에서 잠을 깨게 된다. 그리고 그의 앞에 듀크가 나타난다. 듀크가 자신의 검 데인노모스를 회수하러 온 김에 유리도 구해주었던 것이다. 듀크가 떠나간 후 유리는 집밖으로 나와 마을로 향하고 거기서 유리를 감지하고 찾아온 그의 개 라피도와 그것을 쫓아온 에스테르와 재회하게 된다. 에스테르는 재회에 감격하며 회복중인 유리의 상처를 회복시켜 준다. 다만, 유리는 그 상처의 진실을 숨긴다.

돌아온 유리는 일단 에스테르의 말대로 함께 하룻밤을 쉰 후 다시 흩어져있는 동료들을 모으러 길을 떠난다. 에스테르를 데리러 온 쥬디스와 재회해 바우르를 타고 아스피오의 리타와 합류한 후, 다시 단그레스트의 카로루 및 레이븐과 합류한 그들은 리타가 하고 있던 성식을 격파할 수 있는 방법의 연구의 완성을 함께 돕게 된다.

리타는 알렉세이를 무찌른 후 그동안 성식으로부터 세계를 구해내기 위해 연구를 거듭한 끝에 에아르가 물질화한 정수인 아파티아를 핵으로 이용, 에아르를 제어해 좀 더 물질에 가까운 형태인 '마나'로 상전이시켜 안정화를 도모하는 이론을 개발해낸 상태였다. 그리고 이 제어역할은 에아르를 생득적으로 제어하는 능력을 지닌 에스테르가 맡게 되는 것으로 유리가 합류한 지금 직접 실행해보려고 한다.

일단 그동안 여행했던 지역 중 에아르의 물질화 현상이 가장 잘 드러났던 빙해지역의 에아르 크레이네에서 이론을 시험하고자 한 리타는 일행과 협동하여 계획을 실행에 옮긴다. 일은 순조롭게 진행되었고 에아르는 마나로 변해 그대로 그들이 가져왔던, 베리우스가 남긴 아파티아에 응축되기 시작했다. 그 후 리타의 예상을 뛰어넘는 일이 일어나게 된다.

죽은 엔테레케이아 베리우스의 정신이 깃들어있는 아파티아가 응축된 마나와 반응해 에아르 및 물질의 일정영역을 완전하게 다룰 수 있는 특수한 존재로 화한 것이었다. 에스테르는 이렇게 태어난 새로운 존재를 정령이라 부르고, 에아르의 4원소 영역 중 물을 다룰 수 있게 된 베리우스의 정령을 '운디네'라고 새로 이름 붙여준다.

정령에게서 성식에 대항할 수 있는 가능성을 느낀 이들은 곧 남은 다른 엔테레케이아들을 찾아가 정령이 되어주기를 부탁하기로 마음먹는다. 이미 알렉세이에 의해 얼마 남지 않은 엔테레케이아들을 찾아다녀야 하는 일행들은 정령이 된다는 것이 엔테레케이아들이 한번씩은 죽어야 함을 의미하는 것이에 내키지는 않아하기도 하지만, 부탁까지는 해보겠다는 심산으로 모두들 함께 세계를 돌아다니기 시작한다.

우선적으로 각지에 흩어진 엔테레케이아들을, 어린 엔테레케이아 바우르의 도움을 통해 차례차례 찾아다닌 일행은 과도하게 에아르를 흡수하다가 폭주, 성식이 되는 도중의 상태에 있던 엔테레케이아 '그시우스'를 쓰러뜨리고 땅의 정령 '노므'로 전생시킨다. 여기서 에스테르의 힘이 엔테레케이아에게 독이 되는 이유도 결국, '만월의 아이'의 특성상 에아르를 엔테레케이아들의 처리용량 이상으로 사용하면서 폭주를 유도하기 때문으로 암시된다.

이후, 현재 남은 엔테레케이아 중 가장 강력한 정령인 페로를 찾아간 유리 일행은 쟈우데 불락궁에서 일행을 돕다가 중상을 입어 죽어가는 그를 불의 정령 '이프리트'로 전생시킨 후 마지막 남은 엔테레케이아를 찾아 미지의 대륙으로 향한다. 대륙을 탐사하는 도중 듀크를 만나는 일행은, 듀크 역시 그동안의 관망을 끝내고 세계를 성식에 의한 파멸로부터 지키기 위해 움직이고 있다는 사실을 깨달으나 둘 사이에 의견이 대립하는 것을 알게된다. 듀크는 자신의 방식대로 세계를 지킨다며 떠나가고, 남은 일행은 나름대로 자신들의 계획을 위해 엔테레케이아에게 간다.

그리하여 만난 것이 이전에 알렉세이의 부관으로 있었던 '크롬'이었다. 크롬은 본래 엔테레케이아로서 본모습은 일행이 이전에 아파티아 강탈사건 때 만났던, 요무겐에서 듀크와 같이 있는 것을 목격했었던 그 마물이었다. 그동안 기사단에 있으면서 듀크에게 여러가지 정보를 전하고 있었던 모양이었다. 그녀는 성식이 다시 나타난 지금 듀크는 세계를 지키기위해 모든 인간의 생명력을 희생시켜 예전에 '만월의 아이'가 그랬던 것처럼 생명력을 동력으로 삼아 성식을 격파하려 하고 있다는 것을 밝힌다. 그리고 듀크를 이길 수 있다면 정령화에 동의해주겠다며 일행의 힘을 시험하게 된다.

엔테레케이아인만큼 크롬도 엄청나게 강력한 힘을 지니고 있었으나 유리 일행은 그동안의 성장을 바탕으로 그녀의 시험을 이겨내는데 성공하고 쓰러뜨리게 된다. 쓰러진 크롬은 정령화에 동화한 채 아파티아로 화해, 일행에 의해 정령화되어 바람의 정령 '실프'로 재탄생된다.

4대 속성의 정령을 탄생시킨 유리 일행은, 여기에 그치지 않고 성식에 대항할 확실한 힘을 위해 세계 중에 있는 모든 블라스티아의 코어를 모아 정령으로 전생시킬 계획으로 이행하게 된다. 이는 모든 인간문명에 큰 영향을 줄 수 있는 중대한 일이기도 했지만 성식을 소멸시키기 위해서는 꼭 필요한 일이라고 모두들 생각하고 그것을 제국과 길드에 이해시키기로 마음먹게 된다.

일단 리타는 모든 정령의 힘을 제어해 하나로 모으도록 하는 장치를 만들기 위해 마을에 들려야 했고 이를 위해 일행은 노르 항구에 향한다. 하지만 상황은 더 어지럽게 돌아가 연구도시 아스피오가 있던 자리에서 거대한 건축물이 천공으로 떠오르고 제도에서 다시 한 번 큰 난리가 일어난다. 듀크가 모든 인류의 생명력을 흡수하게끔 하려 고대요새도시 '타르카론'을 사용하려 하고 있던 것이었다.

곧 후렌의 부하 두명이 노르로 와서 유리 일행에게 위기에 처한 후렌과 제국함대에 대한 도움을 요청한다. 거기에는 이전, 알렉세이를 무찌른 후 잠깐 혼자가 됬던 유리를 몰래 암살하려 했던 소디아도 있었다. 소디아는 동격하는 후렌이 유리와 함께 있음으로서 명예에 손상이 갈까봐 그랬던 것이었지만 도움을 청하는 입장이 된 이상 죄책감을 느끼고 있었다. 허나 유리는 딱히 소디아를 책하지 않고 대신 계속해서 후렌에게 도움을 주도록 당부한 후 떠나간다.
   
일행들은 서둘러 후렌을 구하러 피난민들이 위치한 숲으로 간다. 거기서 마물들로부터 사람들을 구해낸 후 일행들은, 곧 블라스티아에 대한 그들의 계획을 말하기 위해 제국 및 길드연합과 접촉하게 된다. 물론 각 마을에도 들리면서 여러 가지 마음의 준비와 생각을 하는 것도 빼놓지 않는다. 도중에 하루루에서, 나무와 결합해있던 생체형 실드 블라스티아의 코어가 자연적으로 정령화한 것을 발견하는데, 이에 대해 이야기를 나누면서 에스테르는 여행이 끝나면 작가가 되겠다고 다짐한다.

그 후 피난민들이 새로이 건설한 마을로 돌아가 각계 지도자들의 동의를 얻어내는데까지 잘 이루어졌던 그들의 계획은 블라스티아 코어를 단기간에 한 자리로 모으는 방법에서 잠깐 정체되지만 알렉세이의 옛 연구자료에서 힌트를 얻게되어 각지의 실드 블라스티아를 중심으로 모든 블라스티아 코어를 연동시키는 방법을 고안해낸다.  

준비를 마친 일행들은 새로 건설된 마을에 '오르니온'이라는 이름을 붙여주고, 사람들의 응원을 받으며 한창 인간의 생명을 흡수하는 술식이 만들어지고 있는 중인 타르카론으로 돌입해나간다. 타르카론의 상층부로 올라가는 과정에서 끈질기게 유리를 방해하던 '쟈기'와 결착를 벌이고 듀크가 있는 곳까지 도달한 그들은 최후로 설득을 시도한다.

고대의 재앙을 말하며 인류는 언제나 똑같이 과오를 저지를 뿐이고, 유리 일행이 실행하려는 정령화도 역시 인간의 이기주의일 뿐이라고 주장하면서 계속해서 인류전체를 세계수호의 제물로 삼으려는 듀크. 그는 얼마 전까지 데인노모스를 유리 일행에게 빌려주면서 어느정도 희망을 걸었었지만 결국 성식이 나타나버렸기에 자신의 방법대로 할 수밖에 없다고 고집하고 있었다. 결국 합의는 이루어지지 않았고, 인류를 희생시키려는 듀크에 맞서 자신들의 정의를 관철하고자 한 모두는 서로의 힘을 합쳐 싸움에 임하게 된다.

세계를 뒤덮어 파멸시키는 재액 '성식'에 맞서 세계를 구하는 방식에 대해 인마전쟁의 영웅이자 옛 엔테레케이아 왕의 의지를 계승하는 자, 듀크와 대립하여 충돌한 주인공 일행들은 모든 힘을 꺼내 그들의 의지를 표출했고 그 결과 힘겹게 상대를 이겨내고, 자신들의 방식으로 성식을 격파하려고 시도한다.  

에스테르의 힘 및 아파티아를 통해 탄생시킨 4정령의 힘과 모든 브라스티아의 코어를 모아 정령화시켜 세계의 재액을 격파하려는 리타의 계획이 실행되고 곧 모든 블라스티아 코어가 정령화되어 에아르를 마나의 힘으로 바꾸는데 성공한다. 불행히도, 리타의 기술만으로는 그 구심력이 아주 약간 부족했던 탓에 실패위기에 몰리는 유리였지만 마지막의 마지막에 듀크가 그들의 의지에 마지막 희망을 가지고 힘을 더해줌으로 인해 무사히 성식을 소멸시킨다.

그후, 블라스티아가 사라져버린 세계가 펼쳐진다. 에아르의 신비한 힘을 사용할 수 없게 된 사람들이지만 에아르에 의한 마법을 대신하여, 화학과 전기 등 과학산업을 연구하고 일으켜 새로운 문명기를 맞는다. 리타 역시 그러한 과학에 몰두한다. 제국은 사실상 황위계승자로 인정된 요델의 지도 하에 다시금 질서를 찾고, 길드들 역시 제자리로, 아니 제국과 대등한 위치에서 협동하며 더욱 발전한다.
 
브레이브 베스페리아 길드도 카로루를 중심으로 세를 불리며 활약을 하는 가운데, 주인공 6명(+1마리)는 각자 자신의 본생활과 길드관련의 일을 계속해서 함께 도우며 살아간다. 에스테르는 자신의 작은 꿈이었던 작가의 일도 겸하여 자신들의 길드에 대한 이야기를 책으로 쓰게 된다. 각기 각 사람들이 자신들의 삶을 충실히 살아가는 가운데 마지막으로, 인마전쟁의 영웅이자 홀로 세계를 구하려 한 존재였던 듀크는, 주인공들이 구한 세계를 지켜보게 되고, 그의 위로 바우르와 함께 다시금 여행을 떠나는 브레이브 베스페리아의 주인공들이 지나가며 테일즈 오브 베스페리아는 끝을 맺는다.